Deux mois sont passés depuis la mort de Jenna et le départ de Stefan avec Klaus, désormais vampire et loup-garou. Depuis, Elena a sans arrêt cherché une preuve démontrant que Stefan est toujours en vie, avec l'aide de Damon. Celui-ci, accompagné d'Alaric et d'Andie, sait que son frère est toujours en vie, et le piste grâce aux nombreux meurtres commis par Stefan. Il semblerait que Klaus et Stefan recherchent des loups-garous pour en faire des hybrides eux aussi. Cependant, Damon se rapproche et cela inquiète Klaus qui demande à Stefan de régler ce problème. Entre temps, Jeremy est de plus en plus troublé par les apparitions de Vicki et d'Anna. Caroline organise l'anniversaire d'Elena, qui atteint la majorité, chez Damon et en profite pour se rapprocher de Tyler.

Klaus compte sur Gloria, une sorcière qu'il connait depuis longtemps, pour qu'elle l'aide à trouver pourquoi il ne parvient pas à créer d'hybrides. Elle découvre, à l'insu de Klaus, qu'Elena est toujours en vie et séquestre Stefan pour obtenir davantage d'informations. À Mystic Falls, un nouvel ennemi irrite au plus haut point Damon et le pousse à des actes qui auront des répercussions durables. Caroline lutte avec ses propres questions émotionnelles au moment même où elle essaie d'aider Elena à faire face à ses propres sentiments. Jeremy fait une brève percée inquiétante avec l'un de ses visiteurs fantomatiques le laissant plus confus que jamais.

Klaus découvre qu'Elena est toujours en vie et ordonne à Stefan de l'éliminer. Après avoir été hypnotisé par Klaus, il redevient « l'éventreur », mais parvient à se contrôler et laisse Elena s'enfuir. Pendant ce temps, Klaus parvient à créer son premier hybride grâce au sang d'Elena : Tyler. Matt tente de se suicider afin de pouvoir, à l'instar de Jeremy, voir le fantôme de Vicki ; Après quelques instants d'inconscience, il est réanimé par Bonnie et parvient désormais à voir le fantôme de sa sœur. Damon et Katherine partent à la recherche de Michael, un chasseur de vampires que Klaus redoute plus que tout depuis des siècles. Avant de s'enfuir, ce dernier ordonne à Stefan de surveiller Elena.

Le premier jour de leur rentrée, Elena, Caroline, Bonnie et Matt sont encore sous le choc des évènements récents tandis que Tyler semble en pleine forme. Ils sont surpris par l'arrivée d'une nouvelle étudiante, Rebekah, la soeur de Klaus. Matt, après s'être rendu compte de son erreur, demande à Bonnie de l'aider à renvoyer Vicki dans l'au-delà. Parallèlement, Stefan continue de surveiller de près Elena.

Les morts qui n'ont pas réussi à trouver la "paix" se voient revenir à Mystic Falls. Lexi revient elle aussi pour aider Elena à retrouver l'humanité de Stefan et ses méthodes choque Elena. Mais tout sa risque d'être interrompus par Klaus qui n'a pas l'air de vouloir laisser Stefan a partir de nouveau ...